福建专升本独立院校和民办院校在办学性质上均属于非公办高等教育机构，但两者在办学主体、学费标准、学历证书等方面存在显著差异，具体如下：
1.办学主体与性质
独立院校：由普通本科高校(如集美大学、福建师范大学等)与社会组织或个人合作举办，依托母体高校资源，但运营资金来源于非国家财政经费。例如集美大学诚毅学院、福建师范大学协和学院等。
民办院校：由企业、社会团体或个人独立举办，完全自主运营，如阳光学院、福州外语外贸学院等。
2. 学费差异
独立院校：学费通常为1.7万-2.2万元/年。
民办院校：学费更高，普遍为2.4万-3.4万元/年。例如闽南理工学院部分专业学费达2.7万-3万元/年。
3. 学历证书
两者均颁发国家承认的本科毕业证书，但独立院校证书加盖“XX大学XX学院”印章(如“集美大学诚毅学院”)，而民办院校直接使用学校名称印章。
4. 其他区别
转设趋势：根据教育部要求，独立学院需转设为公办、民办或停办，未来可能进一步调整。
社会认可度：独立学院因依托母体高校，部分专业可能享有更高认可度，但整体与民办院校均低于公办院校。
综上，独立院校与民办院校虽同属非公办，但在办学背景、费用及证书形式上存在明显差异。考生需结合自身经济条件和职业规划选择。